Sekolah Rendah Agama Bersepadu Kota Tinggi telah beroperasi dengan rasminya pada 1 Januari 1999. Sekolah ini tidak begitu diketahui umum di peringkat permulaan operasinya dan pada ketika itu ianya berkongsi bangunan dengan Sekolah Agama Kota Kecil, Kota Tinggi. Hanya dua buah bilik darjah dan sebuah bilik pentadbiran dikongsi bersama bilik guru dengan seorang kakitangan bukan guru (pembantu tadbir N9), 6 orang guru termasuk guru besar dan 62 orang pelajar. Sesi pembelajaran sekolah ini bermula seawal jam 8.00 pagi hingga 4.00 petang.
Kemasukan pelajar ketika itu melalui proses biasa sepertimana kemasukan ke sekolah-sekolah yang lain tetapi keutamaan diberi kepada anak-anak guru agama kerajaan Johor dan kakitangannya. Kuota bilangan pelajar yang ditetapkan oleh pihak Jabatan Agama Johor Bahagian Pendidikan iaitu tidak boleh melebihi 80 orang pelajar bagi setiap tahun pengambilan.
Mulai tahun 2000, pengambilan pelajar-pelajar ini perlu melalui proses permohonan dan ujian iaitu Ujian Kelayakan di mana pelajar-pelajar yang layak sahaja akan diterima masuk ke sekolah ini. Ini disebabkan permintaan yang tinggi dari masyarakat setempat dan penduduk sekitar serta kakitangan kerajaan dan swasta. Guru besar yang menjadi peneraju SRABKT ketika itu ialah Ustaz Azhar bin Kamari dengan dibantu oleh Guru Penolong Kanan 1, Ustaz Mazlan bin Mohd Nor, Ustazah Anita bt Mohamed @ Ma’mon sebagai GPK HEM, Ustzh Sapiah bt Ali, Ustzh Surani bt Salleh,
Ustazah Hafisah binti Daud dan Cik Norashikin binti Ithnin @ Maon sebagai pembantu tadbir. Tambahan bilangan guru dilakukan dari tahun ke tahun mengikut pertambahan kelas dan mata pelajaran sehinggalah tahun 2006 jumlah bilangan guru seramai 29 orang termasuk guru besar. Jumlah bilangan kelas pula sebanyak 12 bilik darjah. Guru-guru yang berkhidmat di sekolah ini mempunyai kelulusan Diploma Perguruan Malaysia dari maktab-maktab perguruan dan Diploma Sains dan Pendidikan dari Kolej Islam Johor.
Pada tahun 2002, SRAB Kota Tinggi telah mencatat sejarah apabila bangunan sekolah yang dikongsi bersama dengan Sekolah Agama Kota Kecil menjadi milik SRAB sepenuhnya dan pelajar-pelajar serta guru-guru Sekolah Agama Kota Kecil dipindahkan ke bangunan sekolah baru yang dibina di Taman Kota Jaya dan sebahagiannya di Sekolah Agama Bandar Kota Tinggi. Pada tahun berkenaan juga sebuah bangunan SRAB yang baru siap diguna dan telah digunakan secara rasminya pada awal tahun berkenaan dengan kos pembinaan berjumlah RM 1.25 juta dan pengubahsuaian bangunan sedia ada yang menelan belanja RM 89 348.00.Banyak pembaharuan yang telah dilaksanakan sepanjang tempoh tujuh tahun sekolah ini beroperasi. Kepercayaan, keyakinan dan kesedaran masyarakat terhadap sekolah ini semakin meningkat berikutan pencapaian cemerlang dalam Peperiksaan UPSR yang pertamanya pada tahun 2004. sistem pendidikan di sekolah ini juga sentiasa berubah mengikut arus perkembangan pendidikan masa kini.
Perubahan demi perubahan dilaksanakan bagi menongkah arus pendidikan yang semakin mencabar dan global. Namun setiap cabaran yang mendatang ditangani secara bijak oleh pengurusan pentadbiran khususnya peneraju SRAB Kota Tinggi dan kakitangannya yang mempunyai semangat dan iltizam yang tinggi untuk menjadikan SRAB Kota Tinggi sebuah sekolah yang cemerlang, gemilang dan terbilang.
Berikut adalah senarai nama guru besar yang telah dan sedang menerajui SRAB Kota Tinggi :
Ustaz Azhar bin Kamari 1999 hingga 2000
Ustaz Zaya bin Kamel Jan 2000 hingga Ogos 2000
Ustaz Mohd Nizam b. Abd. Rahim 2000 hingga 2004
Ustaz Hasidi bin Besah 2004 hingga sekarang
Kedudukan sekolah ini terus berada di dalam keadaan yang semakin kukuh dan terjamin berikutan dari keputusan mesyuarat EXCO Negeri pada awal tahun 2006 yang ingin meletakkan SRAB di atas tiket dari sekolah swasta ke sekolah bantuan kerajaan. Dengan pengiktirafan ini kebajikan guru-guru akan lebih terpelihara dan keistimewaan yang dimiliki oleh pelajar-pelajar dari sekolah kementerian akan dapat dikecapi bersama oleh pelajar-pelajar dari sekolah ini. Semoga ia akan terus berkembang maju dan menjadi contoh terbaik kepada sekolah-sekolah yang ada di negara ini.
